En 1801, première reconstruction de l'église
15 juillet 1801, le Concordat signé par Bonaparte et le pape Pie VII rend l’église au culte.
Purification et application d’un badigeon à l’intérieur.
Ce Concordat sera abrogé en 1905 par la loi de séparation de l’Église et de l’État.
En 1815, reconstruction du clocher, très endommagé par la foudre en 1772.
En 1851, le curé Le Cot procède à la réfection des deux chapelles latérales.
Le 8 janvier 1858, le conseil de fabrique, sur proposition de M. de Beaupré, demande à l’empereur Napoléon III une restauration complète de l’église. Autorisation qui sera donnée par le gouvernement le 25 mai 1860.
En 1858, l’église est inscrite aux Monuments Historiques. Demande de classement faite en 1846.
À partir de 1860, démolition des constructions qui entourent l’édifice. En remplacement des deux chapelles construites à la fin XIVe siècle, construc-tion de deux bras d’un transept ayant la même hauteur que le reste de l’église et d’une nouvelle travée qui servira de porche.
Une sculpture en bas-relief de la Vierge dans son bateau avec deux anges, de Michel Pascal, est positionnée sur le tympan de cette nouvelle entrée. Travaux effectués sous la direction d’Eugène Millet, élève et adjoint de Viollet-le-Duc et pris en charge par le Trésor impérial
La tourelle pentagonale au sud qui permet d’accéder à la galerie du toit, est d’époque médiévale.
En 1861, élimination du badigeon et découverte d’anciennes peintures au niveau du chœur et du baptistère.
En 1862, l’église est classée Monument Historique.
Le clocher devient une flèche (dessinée par Millet) qui est surmontée d’une croix ornée et d’un coq (il annonce le lever du soleil, symbole de la Résurrection). Cette flèche n’abritant qu’une cloche, le véritable clocher sera édifié au-dessus du nouveau porche, avec trois nouvelles cloches.
En 1865, exécution et pose des horloges extérieures.
En 1867, acquisition, à l’Exposition universelle, du maître-autel en marbre blanc, réalisé par Claude Jacquemin, architecte à Metz.
La ville de Boulogne ayant été épargnée par la guerre de 1870 et la Commune, les paroissiens, sous la houlette de l’abbé Guiral, décident, en signe de remerciement à la Vierge, de financer une partie de la restauration du décor intérieur de l’église. De 1872 à 1879, sous la direction de l’architecte Juste Lisch, restauration des peintures intérieures et pose de nouveaux vitraux, avec le peintre-décorateur Charles-Joseph Lameire et le peintre-verrier Émile Hirsch.
En 1888, installation d’une chaire gothique, en chêne sculpté, et d’un banc d’œuvre des deux côtés du chœur, d’après les dessins d’Auguste Hébert, secrétaire du conseil de fabrique.
De 1888 à 1891, pose du dallage, avec les armoiries de la Vierge et de celles de Jeanne d’Arc au niveau du porche.
En 1899, la comtesse d’Eu fait don des portes intérieures, en style gothique, de la nouvelle entrée sous la tribune.
